第一季明末风雨（9/11）
开始对其进行绞杀，1664年，夔东十三家军抗清失败，首领李来亨全家，大明王朝在大陆地区的抵抗运动结束。[34]永历十六年五月郑成功病逝后，[35]郑经从厦门来到台湾接手经营，继续沿用永历年号，表面上仍旧奉明监国宁靖王朱术桂为正朔，并于次年从福建迎接朱术桂入台。1663年满清与荷兰联手进攻金门与厦门，金厦两岛陷，明郑势力撤退台湾，在陈永华的辅政下，抚土民、通商贩、兴校、进人才、定制度，境内大治。[36]
1673年三藩之乱爆发，郑经接受
清军对夔东十三家围剿图
清军对夔东十三家围剿图[37]
靖南王耿精忠请援，率军西征福建。郑经收回厦门后，并收漳州、泉州与潮州三府，进而攻下广东惠州。后来，广东平南王尚可喜、福建靖南王耿精忠相继为清军所平定，云南平西王吴三桂亦败亡，郑经势力败退仅能守住厦门，1680年清将万正色遣人游说郑军水师副总督朱天贵（原为耿精忠部将）率舰300艘，将士2万余人降清，郑经放弃厦门并班师回台，之后沉迷于酒色。[38]1681年郑经病殁，遗命郑克臧嗣位，冯锡范毒害郑克臧，拥立其婿郑克塽，独揽大权。清康熙帝趁明郑政权内部爆发内讧，以叛将施琅为水师提督着手征讨台湾。1683年，施琅大败刘国轩，攻克澎湖，给台湾造成极大军事压力，结果郑克塽剃发降清，[39]监国宁靖王朱术桂携五妃自杀殉国，[36]全国最后一支明朝残余抗清势力覆灭。
2疆域
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南明的控制范围始终随着同农民军和清军的作战而时刻变化。
疆域范围地图
1644年，李自成进入北京。此时大顺军势力已东至鲁豫，南跨荆楚，西迄秦陇，北抵燕晋，整个北方几乎皆为其所有。南明只控制了江淮、江南和西南大部分地区。[40]而在西边的四川，此时张献忠领导的另一支农民军正屯兵万县，准备向成都进发。[41]
1644年四月时期的南明疆域
1644年四月时期的南明疆域
1644年四月二十二日，大顺军被吴三桂和秦军击败。清军占领北京后即出兵追击，十月初三，清军占领山西首府太原。[42]
得知李自成被清军击败，山东河南等地明朝官绅蜂拥而起，大顺军在这里的政权纷纷瓦解。而清军乘虚南下，到1644年十一月清廷已派遣使者兵卒招抚了畿南﹑山东和河南北部三镇。而在西南，张献忠已攻下成都，收取了四川大部，并于11月称帝，建立了大西政权。[43]而此时的南明控制范围进一步缩小。
1644年11月的南明疆域
1644年11月的南明疆域[41]
李自成由山西退入陕西后，清军向陕西进发。1645年清军占领大顺军都城西安。[44]在击败大顺军，占领陕西后，清军即分兵三路南下江南：多铎部出潼关，经归德向南直趋泗州﹑扬州，进攻南京；阿济格部尾随李自成已至江西九江，派遣降清的金声桓部收取南昌，然后顺江东下，与多铎部会师芜湖；原驻山东的固山额真准塔南下徐州，水陆并进，收取淮安﹑南通等江北之地。[44]
清朝大军已进入江淮地区，南明的江北诸镇面对清朝大军望而溃，不降即逃。扬州、南京纷纷陷落。弘光帝也被俘。[44]1645年六月十四日，清军不费吹灰之力即占领杭州，湖州﹑嘉兴﹑绍兴﹑宁波等地。1645年，明朝诸臣在福州又拥立唐王朱聿键为帝，年号隆武，开始与清朝对抗。[44]
1645年6月的南明疆域
1645年6月的南明疆域[45]
1646年二月，清朝再派大军南征，[46]一举击破明军防线，攻陷绍兴﹑金华﹑定海等浙东之地。但福建的郑芝龙却是不战而降，八月二十八日，清军追至汀州，隆武帝被俘杀。九月十九日，清军进入福州，郑成功遂与郑鸿逵引兵避于中卫所（今厦门）鼓浪屿。十月，在江西的金声桓部清军攻下赣州，江西全境也落入清朝之手。[47]
在西边的四川，张献忠于八月焚毁成都，弃城而走。而在西南边陲，1645年十二月蒙自土司沙定洲掀起叛乱，夺取云南首府昆明，世守云南的黔国公沐天波被迫逃往楚雄。至来年二月，除楚雄以西的整个云南都归附了沙定洲。[47]
1646年十月初十，桂王朱由榔在广东肇庆继位监国，这时传来赣南重镇陷落的消息，朱由榔逃往广西梧州，此时清军李成栋﹑佟养甲部正迅速由福建向广东推进，清军均以布帕包头，伪称明军，偷袭广州。[47]
1646年10月的南明疆域
1646年10月的南明疆域[46]
1647年一月，李成栋部清军西进占领肇庆，在攻陷梧州后在桂林受挫后退回广东。此时清军已北上占领韶州，渡海占领琼州。四月时，广东十府均沦陷于清军之手。[48]
清朝派孔有德﹑耿仲
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